内窥镜包括胃镜、小肠镜、结肠镜、胆道镜、腹腔镜、内镜下逆行胰胆管造影、超声内镜、支气管镜、膀胱镜等。
内窥镜检查的优点在于图像直观，对粘膜的观察是其他方法不能比拟的。还可以对病变部位采取组织标本进行病理检查，显着提高诊断的准确性;对某些病变还可以进行内镜下的治疗，如息肉摘除、内镜下止血、内镜取异物等。
这里只介绍常见的胃镜、结肠镜和支气管镜。
(1)胃镜有上腹部疼痛不适、饱胀、嗳酸嗳气、胸骨后或心窝烧灼感、吞咽困难、大便黑色等症状者，只要没有严重心、肺、主动脉疾病，没有食管、胃、十二指肠急性穿孔，能配合检查的，均适合做胃镜。
胃镜能发现食管、胃和十二指肠的炎症、溃疡、息肉、肿瘤、血管曲张、出血等病变。
如过去有胃溃疡、萎缩性胃炎、反流性食管炎、胃大部分切除术的病史，则需要定期进行胃镜检查。
胃镜检查前要禁食6~ 12小时，包括抽烟、吃药，检查前尽量不要喝水。
(2)结肠镜有腹泻、便秘、血便、粘液便、腹痛、腹部包块等症状，没有严重心、肺疾病，没有怀孕，能够配合者，均可以检查。
近年来，可能是饮食结构的改变，溃疡性结肠炎、克隆病、结肠癌的发病率呈上升趋势，结肠良性肿瘤(以结肠腺瘤为主)的发病率也很高。
结肠镜检查前必须进行肠道准备。肠腔内干净与否是检查成功的关键之一。检查前1~2 天就只能吃少渣的半流质食物， 还要用口服洗肠剂或洗肠的方法清洁肠道。
(3)支气管镜如果有不明原因的咯血、肺不张、胸腔积液，在同一部位反复发生肺炎，或肺炎吸收缓慢，有难以解释的持续性咳嗽，痰中找到肿瘤细胞，或X线胸片发现性质不明的肺内结节、肿块，这些情况就需要做支气管镜检查。
严重心脏病、严重肺功能不全、主动脉瘤、极度衰竭的病人，不能做此检查。