肝活检是诊断脂肪肝的金标准。建议在b超引导下进行肝脏穿刺，以提高穿刺的准确性，尽量减少肝脏损伤。但是因为创伤大，危险大，患者很难接受。
脂肪肝的检查分为实验室检查和其他辅助检查。
1、血脂分析。
中性脂肪、总胆固醇、游离脂肪酸等都可以升高，尤其是中性脂肪(三酰甘油)，这具有最大的诊断价值。约54%的病例胆固醇升高，但血清胆固醇浓度与肝活检中的脂肪量无关。
2、肝功能检查。
轻度脂肪肝，肝功能正常。中度和重度脂肪肝表现为谷丙转氨酶和谷草转氨酶中度和轻度升高，但罕见升高。一般来说，肥胖性脂肪肝的谷丙转氨酶高于谷草转氨酶，而酒精性脂肪肝的谷草转氨酶高于谷丙转氨酶。血清胆红素异常；超过80%的血清胆碱酯酶升高。
3、肝脏b超检查。
肝脏b超检查经济、快速、准确、无创，目前被列为脂肪肝检查的首选。
弥漫性脂肪肝的b超表现:肝实质近场点状高回声，肝脏回声强度大于脾肾，称为“亮肝”；肝脏远场回波衰减；肝脏中的血管模糊或纤细。
局限性脂肪肝的b超表现:肝脏内强回声实质性，有边缘清晰的弱回声区，呈圆形或斑片状，但无肿块效应，无血管旁路或中断，甚至门静脉正常伸入该区。局限性脂肪肝易误诊为肝内肿瘤。
4、CT和MRI。
CT诊断脂肪肝的准确性高于b超，对脂肪肝的诊断、分类、量化和鉴别诊断具有重要意义。尤其对于局限性脂肪肝，可以更清晰的与肝癌、肝血管瘤、肝脓肿相鉴别。但其价格较高，MRI比CT贵，在脂肪肝的诊断上没有明显优势。
CT和MRI表现:在CT上，脂肪肝累及部位密度变低，往往接近或低于水的密度。正常人肝脏CT密度普遍高于脾脏。一旦肝脏CT值低于脾脏，可以认为肝脏CT值较低。脂肪浸润的肝脏可见清晰的肝血管影，呈“枯枝状”，增强后血管影更清晰。弥漫性脂肪肝一般是均匀的。局限性脂肪肝多见于肝右叶，尤其是后段。病灶区肝脏更饱满，剧情不均匀性降低，边界模糊；增强后病灶区密度增强不均匀，可见血管影。
5、肝活检。
肝活检是诊断脂肪肝的金标准。建议在b超引导下进行肝脏穿刺，以提高穿刺的准确性，尽量减少肝脏损伤。但是因为创伤大，危险大，患者很难接受。目前用于鉴别诊断。脂肪肝活检标本可见:显微镜下可见肝细胞脂肪浸润。脂肪球大的可以把细胞核推开，整个肝细胞可以裂开形成脂肪囊肿。肝细胞坏死和炎症轻微或无。
做肝穿刺时必须注意，虽然肝穿刺风险不大，但肝脏毕竟是重要器官，必须严格掌握适应症和禁忌症。特别是以下情况作为肝活检的指征:重度黄疸、大量腹水、凝血功能障碍；充血性肝肿大；右胸腔和膈下急性炎症；疑似肝包虫病或肝血管瘤。