肿瘤标志物种类很多，某些肿瘤标志物的敏感性和特异性比较高，但至今为止还没有一种肿瘤标志物能达到理想的要求（即对某种肿瘤的敏感性、特异性都达100%)。所以，不但要有选择地进行肿瘤标志物检查，还要数种标志物联合检测，并动态检测其变化,才有助于临床诊断。
以下是鉴别几种常见恶性肿瘤及其标志物检查的选择:
(1)原发性肝癌:首选AFP(甲胎蛋白);次选AFU( α -L岩藻糖苷酶）。(2)肝细胞癌:首选AFP〔甲胎蛋白);次选HCG(人绒毛膜促性腺激素)。
(3）结肠癌:首选CEA(癌胚抗原〕 ﹔次选CA19-9;再次选CA243。
(4）前列腺癌:首选PSA（前列腺特异抗原）、PAP（前列腺酸性磷酸酶)。(5）非小细胞肺癌:首选NSE（神经元特异性烯醇化酶);次选CEA。
(6）绒毛膜上皮细胞癌:首选HCG(人城毛膜促性腺激素》。
(7）胰腺癌:首选HCG;次选CA19-9;再次选CEA。
(8）胆道癌:首选HCG;次选CA19-9。
(9）卵巢癌:酋选CA125;次选CA112-4。
(10）乳腺癌:首选CA153;次逸CEA。
(11）胃癌;次选CEA、TPA;再次选HCG。
(12）膀胱癌:次选TPA（组织多肽抗原）。
(13)宫颈癌:次选SCC;再次选CEA。
(14）耳鼻喉肿瘤:次选SCC;再次选CEA。
(15）食管癌:次选SCC(鳞状上皮细胞癌抗原〕。