磁共振成像是目前较新的影像技术，但不作为体检的常规检查。这是因为MRI检查虽然先进，但并不能取代其他影像学检查，如X线。CT.超声等。应根据具体情况选择最适用、最经济的检查方法。做到合理使用，以免造成医疗设备资源的浪费。
磁共振检查具有:最好的软组织分辨力.具有多方位任意切面的能力包括横轴位。冠状位、矢状位及任意斜位，而不必变动被检查者的体位).无创伤，无X线辐射，避免了其他放射影像学检查对人体的辐射损害、无需造影剂即可清楚地显示心脏，大血管、胆道和尿道.从而取代相当一部分有 创伤性的X线造影检查，避免了病人在接受插管和静脉注射造影剂时的创伤痛苦和风险等优点。
但磁共振检查也有其局限性:
MRI设备和检查费用昂贵，设备价格和检查费在目前各种影像学检查中均是较高的，仅次于PET检查。
检查时间长，MRI扫描速度远不如螺旋 CT快。最快的头，脊髓等静态组织平扫需要15- 20分钟。胸腔、腹腔脏器的检查需要约40分钟。有些特殊检查项目时间更长。
对病人的身体和器官移动非常敏感，轻微的运动即可导致图像模糊。故不适于对意识障碍者和蠕动的脏器，如胃肠道进行检查。
扫描时有噪声, 需病人密切合作，保持平静，对儿童 等不能合作者需使用镇静剂。
对钙化灶的显示不敏感。对于肺部， 由于呼吸运动以及肺泡内氢质子密度很低等原因,成像效果不满意。
由于检查环境为强磁场，装有心脏起搏器的患者和体内有磁性金属植入物，如假肢、弹片、止血夹、人工心脏瓣膜、固定钢板、螺钉、人工股骨头等的病人不能接受检查。
由于强磁场，许多抢救设备不能进入扫描室，所以危重病人不能接受检查。