这种情况经常发生，如胃镜检查报告的诊断是慢性萎缩性胃炎，病理诊断结杲却是慢性浅表性胃炎。病人往往误认为医生诊断有误，造成心理不平衡。事实上，由于胃黏膜的萎缩性改变为弥漫性，且是间断区域性分布，所以内镜下以主要改变作诊断,但所取活检的胃黏膜却以炎症为主，就出现了上述两种诊斯不一致的情况。因此许多医生把此类病人的胃镜肉眼诊断报告写咸慢性浅表–萎缩性胃炎，这也是比较符合实际的。
如胃镜下肉眼诊断为胃癌，活组织病理诊断却为萎缩性胃炎或仅有轻度不典型增生，这就需要再次胃镜检查并取多块活组织作病理检查来确定。必要时行钡餐摄片甚至外科手术探查。